Ngoài chịu sự chỉ đạo của các cơ quan chủ quản, của Thành ủy Hải Phòng, Hội đồng xét xử còn liên tục nhận được chỉ đạo sát sao từ Bộ Chính trị. Theo một đồng chí tạiVụ 1A, Viện Kiểm sát Tối cao cho biết ngay khâu lượng hình đã phải trải qua nhiềucuộc họp chỉ đạo rất gay cấn. Quan điểm của Thành ủy Hải Phòng là phải diệt "bọnnày” (chỉ nhà anh Vươn) để làm gương. Trung ương thì sợ phản ứng dây chuyền nênlưỡng lự.
Rốt cuộc, cách chỉ đạo làm án cũng lại giống vụ Nguyễn Tùng Dương năm xưa. Cầnnhắc lại là vụ xử viên cảnh sát/tội phạm Nguyễn Tùng Dương tháng 10/1994 đã khiếncông chúng phẫn nộ bởi sự bao che của chính quyền. Hàng vạn người đã biểu tìnhtại Hà Nội phản đối sự bất công. Đây là vụ biểu tình (tự phát) lớn nhất kể từnăm 1945 tại Hà Nội. Các cơ quan tố tụng như Viện Kiểm sát, Tòa án, BộCông an phải liên tục thỉnh thị chỉ đạo của Chủ tịch nước Lê Đức Anh. Cuối cùngông Anh lệnh cho tòa cứ dền dứ để thử mức độ kiên nhẫn của công chúng. Riêngphiên cuối cùng cho rời hẳn sang một ngày khác. Chỉ đạo là nếu không biểu tìnhhoặc biểu tình ít thì xử Dương chung thân. Dân vẫn tập chung biểu tình thì xửDương tử hình. Kết quả là dù đã dền dứ, đã hoãn đi hoãn lại mà ước tính có tớigần 5 vạn nhân dân vẫn biểu tình vây chặt Tòa án Tối cao buộc Lê Đức Anh phảichỉ thị Tòa án Tối cao xử Dương mức cao nhất là tử hình. Quá phẫn nộ với việc "dềndứ” này, hàng vạn nhân dân bức xúc xô đến đòi "xử” kẻ giết người ngay tại sânTòa án Tối cao. Hàng nghìn cảnh sát được huy động tới đã biến sân Tòa án Tốicao thành bãi chiến trường.
Trở lại vụ anh Vươn, có thông tin cho rằng chỉ đạo từ trên là nếu dân không phản ứng mạnh thì xử anh Vươn mạnh tay theo đúng khung. Nếu dân phản ứng mạnh thì xửdưới khung. Hải Phòng đã "dền dứ” trong mấy ngày qua theo đúng kịch bản này giữalúc dư luận trong nước và quốc tế kịch liệt lên án cách làm của chính quyềntrong việc xét xử vụ anh Vươn.